Ces coopérations s’appuient sur des relations de travail avec des partenaires institutionnels allemands (DAAD, DFG, Goethe-Institut …) ainsi qu’avec un grand nombre de centres de recherche universitaires et extra-universitaires.

L’invitation de chercheurs et enseignants allemands pour des séjours de recherche en France (programme « Directeurs d’études associés ») constitue l’un des principaux instruments pour la mise en oeuvre des coopérations scientifiques bilatérales ou multilatérales avec l’Allemagne.

La FMSH soutient en outre des centres de recherche ou des groupes de recherche spécialisés sur l’Allemagne tels que le CIERA (Centre interdisciplinaire d’études et de recherches sur l’Allemagne) et coopère avec d’autres institutions de la coopération franco-allemande comme le Centre Marc Bloch à Berlin. En outre, elle organise ensemble avec la Deutsche Forschungsgemeinschaft et la Villa Vigoni – Centro Italo-Tedesco per il dialogo europeo le programme trilatéral « Villa Vigoni ».

La FMSH dispose également d’un programme de traduction et de publication franco-allemand (« Bibliothèque allemande » aux Éditions de la MSH, revue électronique Trivium, https://journals.openedition.org/trivium) et conserve dans sa bibliothèque, transférée depuis peu au Grand équipement documentaire (GED) sur le Campus Condorcet, l’un des fonds les plus importants de langue allemande à Paris.