Ces coopérations s’appuient sur des relations de travail avec des partenaires institutionnels allemands (DAAD, DFG, Goethe-Institut …), avec d’importants centres de recherche (Wissenschaftskolleg Berlin, les différents instituts de la Max-Planck-Gesellschaft…) ainsi qu’avec un grand nombre de centres de recherche universitaires.

L’invitation de chercheurs et enseignants allemands pour des séjours de recherche en France (programme « Directeurs d’études associés ») constitue l’un des principaux instruments pour la mise en oeuvre des coopérations scientifiques bilatérales ou multilatérales avec l’Allemagne.

Les invitations pour des séjours de recherche de chercheurs français post-doc en Allemagne constituent un autre volet. La FMSH soutient en outre des centres de recherche ou des groupes de recherche spécialisés sur l’Allemagne tels que le CIERA (Centre Interdisciplinaire d’Études et de Recherches sur l’Allemagne) ou le CIRAC (Centre d’information et de recherche sur l’Allemagne contemporaine) et coopère avec d’autres institutions de la coopération franco-allemande comme le Centre Marc Bloch à Berlin.

Depuis 2016, elle a lancé avec le Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung le nouveau programme de recherche franco-allemand « Nouveaux cadres d’analyse et d’évaluation des changements sociaux actuels ».

La FMSH dispose également d’un programme de traduction et de publication franco-allemand (soutien financier à la publication de travaux et de revues) et conserve dans sa bibliothèque l’un des fonds les plus importants de langue allemande à Paris.